.Befinden sich viele Gasmoleküle in den Beschleunigungsröhren, werden beschleunigte Teilchen durch Stöße mit ihnen abgebremst oder gestreut und gehen damit verloren. Deswegen herrscht in den Röhren ein sehr hohes Vakuum. Der Druck sinkt dabei auf Werte von 10−6 bis 10−10 hPa. Zur Verdeutlichung kann man den HERA-Ring im DESY, einen Kreisbeschleuniger, betrachten. Die Anzahl der in ihm noch vorhandenen Gasmoleküle beträgt etwa
.
Im Vergleich dazu sind es
bei normalem Luftdruck.
Um ein so hohes Vakuum aufrecht zu erhalten, werden spezielle Pumpen über das ganze System verteilt und im Dauerbetrieb eingesetzt. Doch bereits die Erzeugung eines Vakuums solchen Ausmaßes ist recht aufwändig. Die Rohre sind nicht nur speziell angefertigt, sondern erhalten auch eine chemische Reinigung zur Entfernung restlicher Atome und Moleküle. Zusätzlich werden die Röhren im Vakuum auf 400°C erhitzt. Dies löst an die Rohre gebundene Atome und Moleküle, die abgepumpt werden.